O Programa abrange diversas áreas do conhecimento a fim de estudar os aspectos sociais, econômicas e ambientais dos agroecossistemas mato-grossenses, nos biomas (Pantanal, Cerrado e Amazônia) e bacias hidrográficas (Paraguai, Amazônia e Araguaia Tocantins), que estão em constante processo de transformação. As pesquisas permeiam a produção agrícola e a conservação ambiental, na perspectiva de: avaliar impactos socioambientais, aplicar e desenvolver tecnologias nos agroecossistemas, aprimorar cadeias produtivas, melhorar a qualidade de vida, subsidiar tomadas de decisão e a formulação de políticas.