Mato Grosso se destaca pela intensa conversão de áreas naturais em agroecossistemas, que o torna um dos maiores produtores de commodities do país. Além da perda de vegetação nativa, o manejo intensivo e inadequado das áreas tem promovido diversos problemas ambientais, impactando a biodiversidade, comprometendo a estabilidade dos serviços ecossistêmicos, bem como promovendo contaminação ambiental, com consequentes problemas para a produção agrícola e o bem-estar humano. Nesse contexto, essa linha objetiva desenvolver pesquisas com o intuito de mitigar os impactos socioambientais, decorrentes do uso da terra, em sistemas de produção agrícola no Estado.

A horticultura engloba sistemas de produção de frutas, flores, hortaliças, plantas medicinais e aromáticas que contribuem para a geração de emprego e renda, além de segurança alimentar e nutricional. Neste contexto, a linha envolve estudos nos sistemas de produção hortícolas e sua interface socioeconômica e ambiental, com foco no desenvolvimento da agricultura. Visa desenvolver tecnologias de produção e de gestão, propor e/ou aplicar indicadores que subsidiem nas tomadas de decisão e na formulação de políticas públicas para o desenvolvimento da cadeia produtiva.

A agricultura contemporânea exige meios de produção tecnológicos em contínuo desenvolvimento, perpassando da biotecnologia a agricultura digital, oportunizando meios de produção de proteínas, gorduras, fibras e energia. As pesquisas se fundamentam no monitoramento hidrometeorológico e suas relações nos agroecossitemas, no uso racional dos recursos naturais, sustentabilidade e qualidade de vida dos envolvidos.